Origen.

Los orígenes de esta organización se remontan a los últimos años de Tom Marvolo Riddle –más tarde conocido como Lord Voldemort, el Innombrable, Aquel-que-no-debe-ser-nombrado o Quién-tú-sabes– en Hogwarts, donde conoció a algunos magos como Avery que luego se convirtieron en sus fieles seguidores.Hacia la década de 1970, el grupo ya se encontraba organizado por completo y se dedicaba a cumplir las órdenes de su amo, que incluían efectuar secuestros, el espionaje y el asesinato de opositores así como el de muggles y magos de «sangre impura». Esta primera etapa de conflicto se conoció como la Primera Guerra y durante esa época surgió una organización opositora –la Orden del Fénix liderada por Albus Dumbledore– para combatir las legiones de Voldemort.
El grupo cesó sus actividades tras el incidente ocurrido en la noche de Halloween de 1981, cuando Voldemort intentó exterminar a los Potter; el Innombrable logró asesinar al matrimonio pero cayó al lanzarle su maldición asesina al bebé Harry Potter. Con la desaparición de su guía, algunos de los mortífagos siguieron oponiendo resistencia al Ministerio de Magia y a la Orden, pero se los capturó y encarceló en Azkaban. Otros, en cambio, negaron su participación voluntaria en los crímenes de la organización y eludieron las condenas.
En Harry Potter y el cáliz de fuego, Voldemort consigue recuperar sus poderes y su cuerpo gracias a las intervenciones de Peter Pettigrew y Barty Crouch Jr., quien había llevado a cabo el sabotaje del Torneo de los Tres Magos para capturar a Harry Potter. Voldemort convocó a sus seguidores para que se pusieran a su servicio nuevamente y les cuestionó su falta de lealtad por no haber intentado encontrarlo en años, así como también el haber huido al ver la Marca Tenebrosa en el Campeonato Mundial de Quidditch, donde los mortífagos habían causado estragos. Pese a que el escape de Harry puso en alerta a Dumbledore para reagrupar a la Orden, la postura del Ministerio se decantó por negar el retorno del hechicero tenebroso alegando que no había evidencia fidedigna de ello y que sólo se trataban de rumores impulsados por Dumbledore para causar inestabilidad en la comunidad mágica. Esta actitud benefició al lado oscuro dando luz verde para que Voldemort reclutase más fuerzas y que sus seguidores efectuasen sus actividades sin problemas. En enero de 1996 los mortífagos presos en Azkaban se fugaron y volvieron con su amo para ayudarlo en la búsqueda de la profecía oculta en el Departamento de Misterios.
Esto terminó en una encarnizada batalla a mitad de año donde se enfrentaron las fuerzas de Voldemort, el Ejército de Dumbledore y la Orden del Fénix en el Ministerio de Magia. Tras este suceso, el ministro Cornelius Fudge admitió el retorno de las fuerzas opositoras y declaró el inicio de la Segunda Guerra.Al año siguiente, los miembros de esta organización invadieron Hogwarts ayudados por Draco Malfoy. En esta primera batalla en la escuela, Severus Snape asesinó a Albus Dumbledore.En la última novela de la serie, (Harry Potter y las Reliquias de la Muerte) Voldemort logró apoderarse del Ministerio y colocó a sus servidores estratégicamente para perseguir a los rebeldes y darle caza a Harry, Hermione y Ron que se encontraban buscando los horrocruxes por toda Gran Bretaña. Finalmente tuvo lugar la segunda batalla de Hogwarts en 1998, donde Voldemort murió y sus sirvientes fueron derrotados.